Under sin Norgesreise i 1599 kommer den unge kong Christian 4. til Vardø. Der voldtar han trollkvinnen Aona, en hendelse som siden skal forfølge ham. Aona flykter sørover og føder en datter i Lofoten. Jentungen blir overlatt til seg selv, men overlever mot alle odds. Tilfeldighetene fører henne til Romsdal, der hun vokser opp hos storbonden Peder Klungnæs. Begge får viktige roller da Sinclair og hans leiesoldater en dag står på tunet. Samtidig får vi følge historien om kongen selv. Hans hovedfiender er svenskene, katolikkene og ikke minst trollfolkene. Kongens merke er en roman om krig og om forfølgelse av annerledes tenkende, og en reise gjennom Norge på tidlig 1600-tall. Men mest om fattigjentas lengsel etter sin mor. Til sist forenes de - lenket til hverandre i Akershus festnings dypeste fangehull.