I det 19. århundre får medisinen status som naturvitenskap, og grunnen legges for faget slik vi kjenner det i dag. Erkjennelsen av cellen som organismens vitale enhet dannet grunnlaget for patologien som selvstendig fag og ble avgjørende for forståelsen av sykdomsprosessenes forløp og sluttresultat. Med bakteriologiens fremvekst i andre halvdel av århundret får de smittsomme sykdommers årsaksforhold en rasjonell forklaring og gir nye behandlingsmuligheter (vaksiner, seroterapi). Bakteriologien gir også hygienen et solid ståsted og begrunner kirurgiens aseptikk og antiseptikk, som sammen med nye anestesimetoder muliggjør en veldig utvidelse av kirurgiens indikasjonsområde.